औषधिको उत्पादन गर्ने प्रत्येक उद्योगले औषधिको गुणस्तर नियन्त्रणको लागि स्वतन्त्र रुपमा उत्तरदायित्व सुम्पिएको आफ्नै एक गुणस्तर नियन्त्रण इकाइको व्यवस्था गर्नु पर्दछ । औषधि उत्पादनमा प्रयोग हुने कुनै पनि कच्चा पदार्थ, उत्पादनमा रहेको औषधिहरु र उत्पादन भएको औषधिको गुणस्तर र स्थायित्व (स्ट्याबिलिटी) कायम गर्नु यसको प्रमुख काम हो र औषधिको उत्पादन प्रक्रियामा गुणस्तर नियन्त्रणको लागि विभिन्न सहयोग गर्नु यसको कर्तव्य हो । यस अन्तर्गत एक प्रयोगशाला हुनु अनिवार्य छ । उत्पादनमा रहेको वा उत्पादन समाप्त भएको औषधिहरुको गुणस्तर सम्बन्धी परीक्षण र विश्लेषणको लागि प्रयोगशालामा प्रर्याप्त मात्रामा कर्मचारीहरु र साधनहरुको व्यवस्था हुनु पर्दछ । यस प्रकारको व्यवस्था अन्तर्गत विभागले तोकेको न्यूनतम गुणस्तर नियन्त्रण प्रक्रिया सम्बन्धित उद्योगबाटै सञ्चालन गरी अन्य विशेष प्रकारको गुणस्तर नियन्त्रण कार्य विभागबाट स्वीकृत अन्य प्रयोगशाला मार्फत पनि गराउन सक्नेछ ।